Bioinformaticus in spatial transcriptomics

Werkgever:
LUMC
Regio:
Leiden
 
Functieomschrijving


Wat ga je doen?

Binnen het Laboratorium voor Computationele en Functionele Genomica ontwikkel en implementeer je analysepijplijnen voor spatial transcriptomics-data. Je werkt nauw samen met het Leiden Genome Technology Center, dat data genereert met behulp van geavanceerde platforms zoals Xenium, Visium en VisiumHD. Deze functie biedt directe toegang tot deze technologieën en de mogelijkheid om te werken met diverse ruimtelijke datasets via ons uitgebreide netwerk van klinische en onderzoeksgerichte samenwerkingen.


Jouw kerntaken zijn:

  • Ontwerpen en implementeren van robuuste analysepijplijnen voor spatial transcriptomics-data.

  • Ontwikkelen van gestandaardiseerde workflows ter ondersteuning van onderzoekers binnen het medisch centrum.

  • Samenwerken met het Scientific Analysis Support Center (SASC) voor succesvolle implementatie van pijplijnen op de LUMC HPC.

  • Verwerken en analyseren van spatial transcriptomics-datasets uit verschillende onderzoeksprojecten.

  • Nauw samenwerken met wet-lab onderzoekers en samenwerkingspartners.

  • Waar ga je werken?

    De afdeling Humane Genetica is een breed georiënteerde onderzoeksafdeling, geleid door Silvère van der Maarel. Hier wordt onderzoek gedaan naar genetische en epigenetische aspecten van monogene, multifactoriële en verworven ziekten, en de vertaling naar klinische toepassingen. De afdeling bestaat uit 22 onderzoeksgroepen, verdeeld over vier overkoepelende onderzoekslijnen. Momenteel zijn er ongeveer 220 (inter)nationale medewerkers, variërend van hoogleraren en studenten tot research analisten en onderzoekers in opleiding.
    De Computational and Functionele Genomics groep (Mahfouz Lab) richt zich op computationele uitdagingen bij de analyse van grootschalige moleculaire data om beter te begrijpen hoe genetische en omgevingsfactoren de toestand van cellen beïnvloeden. Op dit moment ligt de focus op het ontwikkelen van machine learning-methoden voor de analyse van single-cell en spatial omics-data, met bijzondere interesse in multimodale data-analyse. We zijn een internationaal team met diverse interesses en expertise, en we hebben een passie voor nieuwe experimentele technologieën en de bijbehorende uitdagingen op het gebied van data-analyse.


    Wat neem je mee?

    Je hebt een analytische en nauwkeurige manier van werken, waarbij je complexe vraagstukken weet te vertalen naar praktische oplossingen. Met je sterke samenwerkings- en communicatieve vaardigheden voel je je prettig in een multidisciplinair team en draag je bij aan een collegiale werksfeer. Daarnaast beschik je over een goede beheersing van de Engelse taal, zowel mondeling als schriftelijk.


    Verder heb je:

  • Een masterdiploma in Bioinformatica, Informatica, Biomedische Wetenschappen of een verwant vakgebied.

  • Sterke programmeervaardigheden in Python.

  • Ervaring met high-performance computing omgevingen.

  • Vaardigheid in het ontwikkelen van pijplijnen met Nextflow of Snakemake.

  • Inzicht in sequencing-technologieën en analysemethoden.
  • Daarnaast is het een pre als je ervaring hebt met celsegmentatietechnieken, bekend bent met single-cell analysepijplijnen, al eerder met spatial transcriptomics-data hebt gewerkt en/of ervaring hebt opgedaan in een medische onderzoeksomgeving.


    Wat bieden we jou?

    Door gezondheid gedreven; dat is onze missie. Dit geldt uiteraard niet alleen voor onze patiënten maar ook voor onze medewerkers. We streven naar een veilige, inclusieve en gelijkwaardige werkomgeving waarin talentontwikkeling en verbindend leiderschap centraal staan. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling, sportbudget, thuiswerkvergoeding en een uitstekende reiskostenregeling voor woon-werkverkeer. Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn!


    Waar staan wij voor?

    Als academisch medisch centrum streeft het LUMC naar een medewerkersbestand dat een goede afspiegeling is van de samenleving. Wij zetten ons in voor de hoogste kwaliteit op het gebied van gezondheidszorg, onderwijs en (internationaal) onderzoek, waarbij diverse perspectieven van cruciaal belang zijn. Duurzaamheid staat bij ons ook hoog in het vaandel: we zetten ons in voor een gezonde toekomst, niet alleen voor mensen, maar ook voor de planeet. In lijn met deze waarden willen we een creatieve en inspirerende werkplek zijn, waar het voor ons van essentieel belang is dat iedereen zich thuis, veilig en erkend voelt. Bij ons draait het om wie je bent en wat je bijdraagt, ongeacht je achtergrond. Samen werken wij aan een duurzame en inclusieve toekomst, zowel voor de mensen om ons heen als voor de wereld waarin we leven. Samen zijn wij LUMC.

    Meer informatie

  • Als bioinformaticus bedraagt je salaris minimaal € ,- en maximaal € ,- bruto per maand (schaal 7M, CAO UMC). Deze bedragen zijn op basis van een fulltime dienstverband.

  • De procedure omvat verschillende fasen, startend met een online kennismakingsgesprek eventueel gevolgd door een persoonlijk gesprek en 1-op-1 gesprekken met overige groepsleden.

  • Graag de namen en contactgegevens van twee referenties verstrekken bij het indienen van je sollicitatie.

  • De duur van het dienstverband is voor 1 jaar met uitzicht op verlenging.

  • Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.